H Aegean διακρίθηκε από τη Skytrax για τα μέτρα υγιεινής και προστασίας από τον Covid-19 που εφαρμόζει. Ειδικότερα, η εταιρεία έλαβε διάκριση τεσσάρων αστέρων (4-Star COVID-19 Arline Safety Rating), καθώς αξιολογήθηκε ότι από την αρχή της πανδημίας μέχρι σήμερα, σε κάθε στάδιο του ταξιδιού, ακολουθούνται τα υψηλότερα πρότυπα και οι βέλτιστες πρακτικές που προτείνει ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας, το ICAO και η ΙΑΤΑ για την προστασία επιβατών και πληρωμάτων.